Pembentukan P3SI diawali dari pertemuan-pertemuan informal yang dilakukan oleh ketua Prodi Pendidikan Sejarah Universitas Pendidikan Indonesia (UPI), Universitas Negeri Jakarta (UNJ), Universitas Negeri Yogyakarta (UNY), Universitas Negeri Semarang (UNNES), dan Universitas Sebelas Maret (UNS) pada tahun 2016. Tujuan pertemuan ini agar prodi pendidikan sejarah seluruh Indonesia bisa saling berkomunikasi, minimal saling mengetahui informasi skripsi yang disusun oleh mahasiswa untuk menghindari plagiasi. Hal ini sejalan pula dengan Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 44 tahun 2015 tentang Standar Nasional Pendikan Tinggi. Dalam aturan tersebut masing-masing program studi diharapkan memiliki asosiasi program studi yang menyusun capaian perkuliahan.

Pada waktu itu mulai tercetus agar dilaksanakan pertemuan rutin Pengurus Program Studi Pendidikan Sejarah se-Indonesia yang tempatnya bergilir dari satu universitas ke universitas lain. Agenda pertemuannya adalah membahas berbagai perkembangan ilmu sejarah, kurikulum, kerja sama penelitian, seminar, dan lain-lain. Bahkan pada waktu itu juga mulai muncul gagasan agar dibentuk sebuah organisasi yang mewadahi Program Studi Sejarah se-Indonesia dengan tanpa membedakan latar belakang perguruan tinggi. Perlu diketahui bahwa Program Studi Pendidikan  Sejarah di Indonesia bernaung di bawah tiga perguruan tinggi, yaitu perguruan tinggi umum, perguruan tinggi kependidikan, dan perguruan tinggi Islam. Pertemuan yang dilangsungkan di Universitas Pendidikan Indonesia pada 2017 menghasilkan kesepakatan bahwa agenda yang telah disusun pada waktu itu akan dibahas lebih lanjut pada pertemuan di tahun selanjutnya.

Menindaklanjuti hal tersebut, disusunlah Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga Perkumpulan sebagaimana tercatat dalam Kantor Akta Notaris Fransisca Endang Susilowati, S.H. Nomor 03 tanggal 24 Maret 2017.

Pertemuan Pengurus Program Studi Pendidikan Sejarah tahun 2018 dilaksanakan di Fakultas Ilmu Sosial  Universitas Negeri Semarang. Salah satu pesan yang disampaikan oleh beliau pada waktu itu itu adalah, bahwa Pendidikan Sejarah Sejarah adalah ilmu yang sangat penting karena menyangkut jati diri bangsa dan merupakan alat pemersatu bangsa. Jika ingin menjadi bangsa yang besar, maka kita harus memahami perkembangan peradaban bangsa dari waktu ke waktu, dan hal itu membutuhkan peran strategis Ilmu Sejarah. Salah satu tema yang pada waktu itu dibahas cukup intensif adalah mengenai rumusan kompetensi lulusan Program Studi Pendidikan Sejarah. Rumusan kompetensi untuk lulusan pendidikan sejarah antara lain: memiliki pengetahuan sejarah Indonesia dalam konteks global; memiliki kemampuan melakukan pembelajaran sejarah secara menarik; mampu menanamkan nilai-nilai sejarah dan mengapresiasi nilai-nilai sejarah dalam kehidupan dan pembelajaran.